論文開題報(bào)告：乙醇脫氫酶定量構(gòu)效關(guān)系研究

目錄/提綱：……
2、通過查閱文獻(xiàn)，了解Bioedit、CalTool等軟件的使用
3、通過查閱文獻(xiàn)，查找并獲得乙醇脫氫酶的ID號(hào)及最適溫度
4、通過查閱文獻(xiàn)，初步了解氨基酸組成及最適溫度的關(guān)系
3、利用定量構(gòu)效關(guān)系研究乙醇脫氫酶理化參數(shù)與生物活性之間的關(guān)系
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大學(xué)本科畢業(yè)論文(設(shè)計(jì))開題報(bào)告
學(xué)院：　　化工學(xué)院 專業(yè)班級(jí)：2009級(jí)生物工程
課題名稱 乙醇脫氫酶定量構(gòu)效關(guān)系研究

1、本課題的的研究目的和意義：

利用構(gòu)建乙醇脫氫酶氨基酸組成和最適溫度的支持向量機(jī)模型，并運(yùn)用均勻設(shè)計(jì)優(yōu)化及其運(yùn)行參數(shù)結(jié)構(gòu)來預(yù)測(cè)氨基酸組成和最適溫度的關(guān)系，以及利用定量構(gòu)效關(guān)系的研究來預(yù)測(cè)乙醇脫氫酶的理化參數(shù)及結(jié)構(gòu)參數(shù)與其生物活性之間的關(guān)系。

2、 文獻(xiàn)綜述（國(guó)內(nèi)外研究情況及其發(fā)展）：
乙醇脫氫酶（EC 1.1.1.1, ADHs）又名乙醇：輔酶氧化還原酶，分布廣泛，大量存在于人和動(dòng)物肝臟、植物及微生物細(xì)胞中，是一種含鋅金屬酶，具有廣泛的底物特異性。作為生物體內(nèi)主要的短鏈醇代謝的關(guān)鍵酶，它在很多生理過程中起著重要作用。目前從很多生物中都分離到。來源于微生物的乙醇脫氫酶吸引了更多的研究者的關(guān)注，這是由于它能用于合成或修飾一些高價(jià)值的
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張光亞等主成分分析的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)及其在木聚糖酶最適pH建模中的應(yīng)用。 張光亞 方柏山，木聚糖酶氨基酸組成與其最適溫度的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)數(shù)學(xué)模型，即是使用計(jì)算機(jī)模擬預(yù)測(cè)氨基酸組成與最適溫度的關(guān)系的研究。



3、 本課題的主要研究?jī)?nèi)容（提綱）和成果形式：

主要內(nèi)容：
1、 通過查閱文獻(xiàn)，掌握定量構(gòu)效關(guān)系研究方法，及均勻設(shè)計(jì)法等技術(shù)的運(yùn)用。
2、 通過查閱文獻(xiàn)，了解Bioedit、CalTool等軟件的使用。
3、 通過查閱文獻(xiàn)，查找并獲得乙醇脫氫酶的ID號(hào)及最適溫度。
4、 通過查閱文獻(xiàn)，初步了解氨基酸組成及最適溫度的關(guān)系。設(shè)計(jì)出實(shí)驗(yàn)方案，根據(jù)實(shí)驗(yàn)方案安排實(shí)驗(yàn)。
5、 通過查閱文獻(xiàn)，按照文獻(xiàn)方法進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，通過計(jì)算機(jī)模擬預(yù)測(cè)氨基酸組成與最適溫度的關(guān)系，并且用數(shù)理統(tǒng)計(jì)方法建立其理化參數(shù)與生物活性之間的定量關(guān)系，從而預(yù)測(cè)其生物活性的變化。


成果形式：以數(shù)學(xué)模型和論文的形式提交成果。


4、擬解決的關(guān)鍵問題：

1. 熟練掌握定量構(gòu)效關(guān)系和均勻設(shè)計(jì)方法等技術(shù)，以及一些相關(guān)軟件的使用。
2. 利用均勻設(shè)計(jì)方法及一些優(yōu)化方法研究氨基酸組成和最適溫度之間的關(guān)系。
3. 利用定量構(gòu)效關(guān)系研究乙醇脫氫酶理化參數(shù)與生物活性之間的關(guān)系。


5、研究思路、方法和步驟：

1、查找文獻(xiàn)獲得乙醇脫氫酶的ID號(hào)和最適溫度，并通過NCBI查找出其氨基酸序列。
2、根據(jù)CalTool軟件找出乙醇脫氫酶的氨基酸組成及其分段氨基酸組成。
3、通過基于均勻設(shè)計(jì)的線性核函數(shù)SVM參數(shù)優(yōu)化及基于均勻設(shè)計(jì)的RBF核函數(shù)SVM參數(shù)優(yōu)化等方法進(jìn)行擬合，分析乙醇脫氫酶氨基酸組成與最適溫度的關(guān)系。
4、利用定量構(gòu)效關(guān)系研究乙醇脫氫酶理化參數(shù)或結(jié)構(gòu)參數(shù)與生物活性之間的關(guān)系，以及其理化參數(shù)或結(jié)構(gòu)參數(shù)的改變，而其生物活性的改變情況。



6、本課題的進(jìn)度安排：

2月24日-3月10日：查閱相關(guān)文獻(xiàn)，了解均勻設(shè)計(jì)方法等技術(shù)，以及一些相關(guān)軟件的使用。
3月11日-4月4日：查閱相關(guān)文獻(xiàn)，獲得乙醇脫氫酶的ID號(hào)及其最適溫度，通過一些軟件的使用查找氨基酸序列和氨基酸組成。此外，通過一些函數(shù)擬合出氨基酸組成和其最適溫度之間的關(guān)系。
4月5日-4月25日：查閱相關(guān)文獻(xiàn)，根據(jù)擬合的實(shí)驗(yàn)結(jié)果，選取比較適合的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，根據(jù)定量構(gòu)效關(guān)系進(jìn)行實(shí)驗(yàn)并獲得較為準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)。
4月26日-5月10日：根據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果，分析出乙醇脫氫酶的氨基酸組成與最適溫度的關(guān)系，乙醇脫氫酶的理化參數(shù)或結(jié)構(gòu)參數(shù)與生物活性之間的關(guān)系，以及理化參數(shù)或結(jié)構(gòu)參數(shù)的變化與生物活性變化之間的關(guān)系。
5月11日-5月30日：整理數(shù)據(jù)，完成畢業(yè)論文并上傳論文，準(zhǔn)備答辯。


7、參考文獻(xiàn)：
[1] Hidehiko H, Noriho K, Yutaka K, et al. Properties of an alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Aeropyrum perni* K1. J Biosci Bioeng 2004, 97(3): 202-206
[2] Reid MF, Fewson CA. Molecular characterization of microbial alcohol dehydrogenases. Crit Re ……（未完，全文共3634字，當(dāng)前僅顯示1835字，請(qǐng)閱讀下面提示信息。收藏《論文開題報(bào)告：乙醇脫氫酶定量構(gòu)效關(guān)系研究》）